Der aktuelle Katalog des Museums im Schottenstift wurde nach Abschluss der letzten Erweiterung des Museums im Jahr 2008 präsentiert und bietet räumlich geordnet einen Gesamtüberblick über die gezeigten Sammlungsobjekte. In die Objektbeschreibungen wurden neue wissenschaftliche Erkenntnisse eingearbeitet, ergänzt werden sie durch ganzseitige Abbildungen der Objekte. Darüber hinaus finden auch solche großformatigen Werke Berücksichtigung, die nur im Rahmen von Führungen besichtigt werden können. Eingeleitet wird der Katalog durch Aufsätze zur Baugeschichte der Prälatur, zur Geschichte der Gemäldesammlung des Schottenstifts sowie zum Naturhistorischen Kabinett.
Der Katalog „Museum im Schottenstift. Kunstsammlung der Benediktinerabtei Unserer Lieben Frau zu den Schotten in Wien“, hg. von Martin Czernin (Wien 2009), kann vor Ort im Museum sowie im Online-Shop des Klosterladens erworben werden.